Sesuai dengan KepMenKes 356 tahun 2008 Kantor Kesehatan Pelabuhan mempunyai tupoksi melaksanakan pencegahan masuk dan keluarnya penyakit potensial wabah, surveilans epidemiologi, kekarantinaan, pengendalian dampak kesehatan lingkungan, pelayanan kesehatan, pengawasan OMKABA serta pengamanan terhadap penyakit baru dan penyakit yang muncul kembali, bioterorisme, unsur biologi, kimia dan pengamanan radiasi di wilayah kerja bandara, pelabuhan dan lintas batas darat negara.
Dalam rangka meningkatkan percepatan kegiatan dimaksud, KKP melaksanakan berbagai kegiatan pengamatan penyakit, pengendalian risiko lingkungan, dan pemberantasan vector dengan dukungan penyelenggaraan administrasi teknis dan kepegawaian oleh bagian Tata Usaha.
Pada tanggal 11 dan 12 Maret 2009 KKP Kelas II Jayapura mengadakan kegiatan pertemuan dengan para pihak dan mitra terkait dimana membahas Evaluasi Program 2008 dan Perencanaan Program 2009.
Evaluasi program tahun 2008 dimaksudkan untuk mengukur pencapaian kinerja yang telah di capai, mengetahui hambatan dan permasalahan yang dihadapi, serta sebagai input dalam peningkatan kinerja yang akan ditetapkan dalam dokumen perencanaan tahun 2009.
Pada pembahasan kegiatan tersebut didapatkan beberapa kendala dalam rangka pelaksanaan tupoksi KKP Kelas II Jayapura diantaranya :
- Kurangnya tenaga sehingga belum semua pelabuhan yang ada di wilayah kerja KKP Kelas II Jayapura dapat dilaksanakan tugas kekarantinaan,
- Belum optimalnya luas bangunan kantor induk bila dibandingkan dengan jumlah tenaga yang ada.